Acta Univ. Agric. Silvic. Mendelianae Brun. 2008, 56(2), 281-284 | DOI: 10.11118/actaun200856020281

Použití metod molekulární genetiky pro identifikaci dřevních hub v dřevěných konstrukcích

Elena Bobeková1, Michal Tomšovský2, Petr Horáček3
1 Gagarinova 648/23, 96 223 Očová, Slovenská republika
2 Ústav ochrany lesů a myslivosti, Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně, Zemědělská 3, 613 00 Brno, Česká republika
3 Ústav nauky o dřevě, Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně, Zemědělská 3, 613 00 Brno, Česká republika

Cílem tohoto článku je zhodnotit možné použití molekulárně biologických metod pro detekci dřevních hub přímo z rozloženého dřeva při použití komerčního kitu pro izolaci DNA vyvinutého pro půdní substrát. Experiment založený na identifikaci dřevomorky domácí (Serpula lacrymans) z naočkovaných dřevěných špalíčků v laboratorních podmínkách byl následován terénní detekcí dřevních hub přímo ze dřevěných konstrukcí. Houbová DNA byla identifikována při použití metod založených na polymerázové řetězové reakci (PCR) zahrnující druhově specifickou PCR a sekvenaci namnožené ITS oblasti ribozomální DNA.
Výsledky ukázaly, že použitý kit (PowerSoil™ DNA extraction kit), vyvinutý výrobcem na izolaci z půdy, je poměrně vhodný na izolaci DNA i ze dřeva - v případě laboratorního experimentu se podařilo detekovat dřevomorku se 100 % úspěšností. Na druhou stranu, v případě starších vzorků zetlelého dřeva bez viditelného mycelia (dům v Banské Štiavnici) byla úspěšnost detekce nižší. U jiných vzorků z terénu (zámek v Náměšti nad Oslavou, lanové centrum Brno-Lesná) byla pomocí sekvenace ITS oblasti detekována přítomnost druhů dřevních hub Donkioporia expansa a Amylostereum areolatum, zatímco v případě domu v Očové se podařilo odhalit pouze přítomnost plísně Cladosporium oxysporium.

dřevo, houby, Serpula lacrymans, Donkioporia expansa, Amylostereum areolatum, Cladosporium oxysporium, DNA, PCR

Application of molecular genetic methods for identification of wood-decaying fungi in wood constructions

The aim of the paper is to evaluate the utilization of molecular biology methods for detection of wood decaying fungi directly from decomposed wood using a commercial DNA extraction kit developed for soil substrates (PowerSoil™ DNA isolation kit). The experiment based on dry rot fungus (Serpula lacrymans) detection from inoculated wooden pieces under laboratory conditions was followed by field detection of wood-decaying fungi from wood structures on building constructions. Fungal DNA was identified using the PCR-based methods including species-specific PCR and sequencing of amplified ITS region of ribosomal DNA.

Keywords: wood, fungi, Serpula lacrymans, Donkioporia expansa, Amylostereum areolatum, Cladosporium oxysporium, DNA, PCR
Grants and funding:

We thank MSM 6215648902 and the Grant Agency of the Czech Republic, project No. 526/03/HO36.

Received: November 5, 2007; Published: November 14, 2014  Show citation

ACS AIP APA ASA Harvard Chicago IEEE ISO690 MLA NLM Turabian Vancouver
Bobeková, E., Tomšovský, M., & Horáček, P. (2008). Application of molecular genetic methods for identification of wood-decaying fungi in wood constructions. Acta Universitatis Agriculturae et Silviculturae Mendelianae Brunensis, 56(2), 281-284. doi: 10.11118/actaun200856020281
Share...
Download citation
  • BibTeX (.bib)
  • Bookends (.ris)
  • EasyBib (.ris)
  • EndNote (.enw)
  • EndNote 8 (.xml)
  • ISI WoS (.isi)
  • Medlars (.medlars)
  • Mendeley (.ris)
  • MODS (.xml)
  • Papers (.ris)
  • RefWorks (.txt)
  • RefManager (.ris)
  • RIS (.ris)
  • MS Word (.xml)
  • Zotero (.ris)
    • Open full article

    References

    1. BODLES, W. J. A., FOSSDAL, C. G., WOODWARD, S., 2006: Multiplex real-time PCR detection of pathogen colonization in the bark and wood of Picea sitchensis clones differing in resistance to Heterobasidion annosum. Tree Physiology 26, 775-782 DOI: 10.1093/treephys/26.6.775 Go to original source...
    2. GARDES, M., BRUNS, T. D., 1993: ITS primers with enhanced specificity for basidiomycetes-application to the identification of mycorhizae and rusts. Molecular Ecology 2 (2), 113-118 DOI: 10.1111/j.1365-294X.1993.tb00005.x Go to original source...
    3. GREEN, M. J., THOMPSON, D. A., MACKENZIE, D. J., 1999 : Easy and efficient DNA extraction from woody plants for the detection of Phytoplasmas by Polymerase Chain Reaction. Plant Disease 83, 482-485 DOI: 10.1094/PDIS.1999.83.5.482 Go to original source...
    4. HÖGBERG, N., LAND, C. J., 2004: Identification of Serpula lacrymans and other decay fungi in construction timber by sequencing of ribosomal DNA - A practical approach. Holzforschung 58, 199-204 DOI: 10.1515/HF.2004.030 Go to original source...
    5. JASALAVICH, C.A., OSTROFSKY, A., JELLISON, J., 2000: Detection and identification of decay fungi in spruce wood by restriction fragment length polymorphism analysis of amplified genes encoding rRNA. Applied and Environmental Microbiology 66, 4725-4734 DOI: 10.1128/AEM.66.11.4725-4734.2000 Go to original source...
    6. MORETH, U., SCHMIDT, O., 2000: Identification of indoor rot fungi by taxon-specific priming polymerase chain reaction. Holzforschung 54 (1), 1-8 DOI: 10.1515/HF.2000.001 Go to original source...
    7. SCHMIDT, O., MORETH, U., 2000: Species-specific PCR primers in the rDNA-ITS region as a diagnostic tool for Serpula lacrymans. Mycological research. 104 (1), 69-72 DOI: 10.1017/S0953756299001562 Go to original source...
    8. WEISS, B., WAGENFÜHR, A., KRUSE, K., 2000: Beschreibung und Bestimmung von Bauholzpilzen, DRW-Verlag
    9. WHITE, T. J., BRUNS, T. D., LEE, S. B., TAYLOR, J. W., 1990: Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. - In: INNIS, M. A., GELFAND, D. H., SNINSKY, J. J., WHITE, T. J.: PCR Protocols, A guide to Methods and Applications: 315-322. Academic Press, New York Go to original source...

    This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License (CC BY NC ND 4.0), which permits non-comercial use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original publication is properly cited. No use, distribution or reproduction is permitted which does not comply with these terms.


    Return to the content